Přímo přes město Holešov vedou dvě značené cyklotrasy. Jednak cyklotrasa č. 5033, která začíná v Kroměříži a vede až do Hustopečí nad Bečvou, a jednak cyklotrasa č. 5036, která začíná v Holešově a vede do Dešné.
V blízkosti Holešova se nachází několik dalších značených cyklotras. Jedná se např. o kratičkou cyklotrasu č. 5121, která začíná v Rusavě Ráztoce a končí v Lukovečku Hadovně; cyklotrasu č. 5038, která začíná v Brusném a končí v Držkové; cyklotrasu č. 5181, která začíná v Hulíně a končí v Otrokovicích; cyklotrasu č. 5034, která začíná ve Fryštáku a končí v Kelči; hlavní národní dálkovou cyklotrasu tvoří Moravská stezka cyklotrasu č. 4, která začíná na hranicích s Polskem u Mikulovic a vede přes Kroměříž až do Hodonína a Břeclavi.
